Historie města - období úpadku
V roce 1609 povýšil císař Rudolf II., který město zakoupil od Petra Voka, Prachatice na královskéhé město. Následující roky však přinášely Prachaticím už pouze samé pohromy. Nejprve to bylo neúspěšné stavovské povstání, v němž Prachatice stály proti císaři. Ještě před bitvou na Bílé hoře, 27. září 1620 během tzv. české války, byly dobyty vojskem Karla Buquoye. Dobyvatelé tehdy vyvraždili údajně až 1 800 prachatických obyvatel. Následná třicetiletá válka, vyplenění města švédským vojskem roku 1641 a morová epidemie o šest let později dílo zkázy dovršily.
V těchto dobách všeobecného rozvratu nebylo na trase stezky kvůli loupeživým hordám bezpečno. Byla proto využívána stále méně, nebyla udržována a stala se obtížně průchodnou. Navíc se do Čech začala dovážet výhradně sůl z Rakouska, o což se zasadili vládnoucí Habsburkové. Na to v Pasově, na opačném konci Zlaté stezky, zareagovali protiopatřením – ukončili nákup produktů z Čech. Tím obchodní ruch na stezce prakticky utichl, dopravní komunikace ztratila význam a na začátku 18. století zanikla. Prachatice i celý region od té doby začaly rychle ztrácet na významu a chudnout.
Od roku 1621 byl prachatickou vrchností rod Eggenberků, sídlící v Českém Krumlově a patřící k tzv. „pobělohorské“ šlechtě. Rod vymřel v roce 1719 a Prachatice připadly novým majitelům panství Schwarzenberkům, v jejichž rukou zůstaly až do roku 1848.
V roce 1832 postihla Prachatice katastrofa – 13. dubna vypukl obrovský požár, při kterém zahynulo osm obyvatel města, bylo zničeno na 137 domů a poškozen kostel sv. Jakuba. Plamenům podlehla i většina typických štítů měšťanských renesančních domů. Historické jádro bylo poškozeno, naštěstí ale většina staveb, dodávající městu středověký ráz, zůstala zachována.
Pozitivní událostí bylo vybudování železniční trati, jež v roce 1893 propojila Prachatice s Vodňany a později i s městem Volary (1899). Dopravní spojení „se světem“ sice tíživou hospodářskou situaci nevyřešilo, nicméně přeci jen napomohlo rozvoji podnikání, zejména pak v dřevozpracujícím odvětví. Objevily se však i další průmyslové podniky: pivovary, cihelna, octárna a také např. Jungbauerova továrna na součástky pro elektrotechnická zařízení. Nastalá, byť nijak výrazná prosperita probudila po několika staletích útlumu ve městě znovu stavební ruch. Ještě na přelomu 19. a 20. století zde vzniklo několik pozoruhodných staveb moderní architektury, z nichž nejvýznamnější je bezesporu pseudorenesanční budova Nové radnice z roku 1903.
